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Funtoo Linux admite varios entornos de escritorio, siendo GNOME el más compatible. Esto se debe principalmente a que Daniel Robbins usa GNOME como su entorno de escritorio principal, por lo que siempre se prueba continuamente y también tiene su propia versión oficial de etapa 3. Si está comenzando con Funtoo, un entorno de escritorio GNOME preconstruido, instalado a través de un GNOME stage3 preconstruido es "muy" recomendado como punto de partida, incluso si puede que no sea su favorito.